ANÁLISE FILOGÉNETICA DE LINHAGENS DE COVID POR MÉTODOS COMPUTACIONAIS - La Santrer, Emanoelle Fernandes Rutren; Assunção, Cláudia Barbosa; Aguiar, Edgar Lacerda; Caligiorne, Rachel B. (Revista Multidisciplinar em Saúde, 2021)
Introdução: A partir do sequenciamento de última geração de amostras clínicas de um surto de pneumonia atípica ocorrido em 2019 na China, identificou-se um novo coronavírus, vírus agente da Síndrome Respiratória Aguda Grave Coronavírus 2 (SARS-CoV-2). Desde então, estudos publicados se propuseram a desvendar as origens do vírus e acompanhar as suas mutações. No entanto, ainda há muito o que discutir sobre a variabilidade genética entre os isolados do vírus de todo o mundo. Objetivos: Diante disto, o presente estudo objetivou analisar as sequências de linhagens bem como a homologia e alinhamento das sequências analisadas; desenvolver e construir uma árvore filogenética para as linhagens de SARS-Cov-2; e analisar a mesma. Material e métodos: Foram selecionadas 23 amostras nos bancos de dados GISAID e NCBI. Selecionamos uma região predeterminada da proteína do coronavírus denominada Spike (S - 21503 - 24555). O alinhamento de sequência múltipla foi realizado usando o software Tcoffee (v11.00) e o software Jmodeltest (v2.1.4) foi utilizado para selecionar o melhor modelo estatístico de substituição de nucleotídeo por máxima verossimilhança. A reconstrução da árvore filogenética se deu pelo software PAUP (v.4.0a159). Para medir o suporte dos nós, bootstraps foram determinados a partir de 1000 réplicas de dados randomizados, usando os critérios de ML. Resultados: Uma árvore filogenética com 23 genomas e 4 clados (O, GR, GK e GH) foi reconstruída. O MERS-CoV representa a amostra outline. Das amostras selecionadas, a amostra EPI_ISL_1699443 (espécie Rhinolophus sinicus) apresentou 100% de suporte estatístico com uma amostra de SARS-CoV. Eventos de introdução puderam ser observados nas variantes VOI Mu e VOC Gamma, há uma alta possibilidade de que variantes brasileiras tenham sido introduzidas na América do Norte, o que atualmente é corroborado pela literatura. Conclusão: Observamos uma variabilidade genética muito grande na qualidade das amostras selecionadas e a tecnologia aplicada na montagem dos genomas, tal fato é um item importante pra seleção de amostras para análises filogenéticas. Este estudo ilustra a contribuição das viagens intercontinentais na pandemia. Recursos biocomputacionais vêm sendo empregados atualmente para a vigilância epidemiológica e genômica contínua, sendo cruciais para o monitoramento do padrão de circulação em constante mudança das variantes do SARS-CoV-2.